ペナルティー係数は、ペナルティー剛性 = (擬似密度)^ペナルティー係数×剛性という式に基づいて、剛性マトリクスにペナルティーを科します。ペナルティー係数が高くなるほど、最終設計における灰色領域は減少します。灰色領域は、設計における中間密度（0.4～0.6の範囲の擬似密度）を含む領域です。灰色領域が減少するほど、設計は良好になります。ユーザーは最終設計を選択した時点で、ペナルティー係数（Penalty Factor）を用いて、灰色領域を削減できます。 高すぎるペナルティー係数を用いることは、異なる要素間で大きな勾配が生じて、解が不安定になる可能性があることを意味します。擬似密度は常に0～1の範囲になるので、剛性が高くなりすぎることはないと考えられます。ただし、設計における剛性の変動幅に大きな勾配が生じる可能性があります。