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[Guilin Sun]

"1.您说“1+R.T是总的反射率,因为监视器在光源与结构之间”是不是意味着监视器实际上接收到的数据是来自上方光源和下方样品反射回的两组数据之和？对于监视器位于光源上方的情况是不是即可只乘R.T这个因子？如果不是那因子该如何选择呢？"

两者因为定义的符号相反，所以数值比其中一个小，参考这个  

Ansys Insight: FDTD 初学者： transmission函数的使用、透射率反射率正负号问题

你需要理解R.T的意义。当监视器在光源之后时，它就代表反射率。因为用的是坡印廷矢量积分所以才有负号问题。

“来看最终得到的显微成像结果是每个不同x轴点的位置所反射回的光场值（一个数）。但是我所理解每个点的PSF应该是一个艾里斑，最后实际的成像应该是各个x轴上点所成艾里斑的非相干叠加，那么该代码是不是没有考虑到x轴上相近点成像的互相影响问题？”

你已经积分了，还能是艾里斑分布吗？直接得出的那个图形就是艾里斑（远场）啊。

3：有放大倍数可能更复杂一些，参见 https://optics.ansys.com/hc/en-us/articles/360042256473-Lithography-using-binary-mask

4: 远场的距离一定不是实际成像的像距，因为仿真并没有实际用到透镜。这是根据傅里叶光学原理计算的，像面上的光场就是近场的远场分布。

你可能需要再翻一下教科书。