[Naritoyo Shibata]

弊社製品をご利用いただきありがとうございます。

＞・(警告)接触は定義されていますが、一部のサーフェスが離れすぎており接続できません。サーフェスより近くに移動するなどの調整が必要です。
については、当方の手元で再現できておりませんが、形状の細かい凹凸が原因である可能性が考えられます。
（エラーではなく警告のため、無視できる可能性も考えられます。）

また、直方体を作成して組み合わせのカッタ―機能でくりぬくのと同等ではありますが、「プリペア」タブの「エンクロージャ」機能をお使いいただく方が手間が減る可能性があり、また、より良い結果につながる可能性もありますので、お試しいただければ幸いです。

それでも解消しない場合は、「修復」タブの諸ツールで微小な面を減らすなど、クリーンアップをお試しの上、くりぬきを行なってみてください。

＞・(警告)分散力とボンド接着(デフォルト)は同じ表面に接続されます。意図しない場合は、接触を防ぐか分散力を削除するか、院プリントツールを使用してサーフェスを分割することができます。(707面)
については、あくまで警告であり、ご目的上、特に問題ないかと存じます。

＞・(エラー)トポロジー最適化のために送信されたボディの少なくとも一つは、最適化に利用可能な自由度を持ちません。
こちらのエラーメッセージが直接の原因と考えられます。
下図のように、左側ツリーの「最適化」でダブルクリックし、中央付近の赤枠部の矢印ボタンにて、最適化するボディを直方体のみと指定してください。（内部の目標形状は保たれます）

実施後形状の例

以上、ご参考になれば幸いです。うまく解消しない場合やさらなるご不明点がある場合はまたお知らせください。
よろしくお願い申し上げます。